Prvá písomná zmienka o Kraľovanoch je z r. 1363. V r. 1420 sa spomínajú Kraľovany ako dedina patriaca Oravskému hradu, čiže bola kráľovským majetkom. Pri vzniku obce patrili obyvatelia Kraľovian do nitrianskeho archidiakonátu Trnavskej ostrihomskej arcidiecézy a pod farnosť v Komjatnej pri Ružomberku.
Rozšírenie reformácie na Orave je spojené s osobou Fraňa Turzu a jeho syna Juraja, majiteľmi Oravského hradu. Juraj Turzo bol v rokoch 1609 – 1616 uhorským palatínom. Protestantizmus na Orave dosiahol svoj vrchol v prvej polovici 17. stor., keď sa po Žilinskej synode r. 1610 evanjelická cirkev úplne osamostatnila od cirkvi katolíckej. Cirkevné zbory z Oravy, Liptova a Trenčianskej stolice sa stali súčasťou Bytčianskej evanjelickej superintendencie, na čele ktorej bol Eliáš Láni.
Najskôr veriaci patrili do cirkevného zboru vo Veličnej, ktorá sa predtým volala Veľká Ves. V r. 1683 vyhorela celá Veličná. Administratívne centrum – sídlo Oravskej župy sa prenieslo do Dolného Kubína. Po Šopronskom sneme r. 1681 na základe artikúl si dolnooravskí evanjelici postavili kostol v Istebnom.
V r. 1810 si v Kraľovanoch postavili prvú evanjelickú školu. Bolo to na mieste, kde teraz stojí kostol a bola to drevená budova. Už v r. 1837 túto školu zničil požiar, ale onedlho si evanjelici postavili novú školu. Škola bola aj miestom služieb Božích, ktoré každú nedeľu vykonával učiteľ podľa predpísaného poriadku. Evanjelická škola trvala do r. 1876, keď bola vyhlásená za štátnu. Služby Božie sa potom konali v súkromnom dome. V r. 1909 si evanjelici postavili novú školu. Táto budova je dnes sídlom farského úradu.
V r. 1763 bola v Kraľovanoch postavená zvonica, druhý zvon bol zakúpený r. 1815. Druhý zvon sa teraz nachádza v Oravskom skanzene v Zuberci vo zvonici zo Záskalia. Prvý zvon bol pravdepodobne vzatý v l. svetovej vojne.
V r. 1912 začali evanjelici v Kraľovanoch stavať kostol na mieste prvej evanjelickej školy. Kostol bol slávnostne posvätený 19. 10. 1913.
V r. 1921 vznikol samostatný cirkevný zbor v Párnici s dcérocirkvou v Kraľovanoch.
V r. 1923 bol do veže zakúpený nový zvon, ktorý má nápis „Evanjelická a. v. dcérocirkev Kraľovany – 1923 – Sláva na výsostiach Bohu a na zemi pokoj ľuďom dobrej vôle“. Ďalší zvon bol zakúpený r. 1970 s nadpisom „F. Švéda – 1970“.
V r. 1955 bola pristavená zborová sieň a sakristia.
Rokom 2000 sa začali písať nové dejiny evanjelickej cirkvi v Kraľovanoch – 1.júla 2000 bol zriadený Cirkevný zbor Evanjelickej cirkvi a. v. v Kraľovanoch. V r. 2001 – 2002 bola bývalá škola prestavaná na farský úrad.
Dňa 12. júna 2011 došlo k požiaru v kostole, počas ktorého zhorel hrací stôl organu. Ale už na Kajúcu nedeľu bol kostol zrekoštruovaný a na Štedrý večer zazneli aj tóny organu. Na pamiatku požiaru bol v cirkevnom zbore v nedeľu po 12. júni vyhlásený Deň pokánia, aby sa veriaci kajali pred Hospodinom.
Duchovní pastieri cirkevného zboru:
Mgr. Mária Kováčová (2001-2006)
Mgr. Zuzana Brdiarová (od r. 2007)